Während seiner fast sechs Jahrzehnte andauernden Laufbahn als Dirigent und Orchesterleiter hat Eugen Jochum Werke aller wichtigen Komponisten eingespielt. Schwerpunkte in seiner Diskografie bilden die Komponisten, mit denen sich Jochum auch insgesamt am intensivsten beschäftigt hat. Dazu zählt natürlich zu allererst Anton Bruckner, dessen 9 Sinfonien Eugen Jochum als erster Dirigent überhaupt sowohl mit der Staatskapelle Dresden als auch mit dem Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks gemeinsam mit den Berliner Philharmonikern vollständig eingespielt hat. Nachwievor haben diese Aufnahmen Referenzstatus. Auch die 9 Sinfonien Ludwig van Beethovens hat Jochum sowohl mit dem London Symphony Orchestra, dem Concertgebouworkest Amsterdam und dem Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks mehrfach komplett aufgenommen. Daneben waren Produktionen der großen Passionen sowie der h-Moll-Messe und des Weihnachtsoratoriums Johann Sebastian Bachs ein großes Anliegen Eugen Jochums.
In jüngster Zeit sind mehrere Jochum-Anthologien erschienen, darunter v.a. der erste Teil der vollständigen Aufnahmen für die Deutsche Grammophon (http://www.deutschegrammophon.com/de/cat/4796314) sowie die kompletten Einspielungen für EMI (https://www.jpc.de/jpcng/classic/detail/-/art/Eugen-Jochum-Complete-EMI-Recordings-Icon-Series/hnum/2998302), die erstmals Eugen Jochum facettenreiche Diskografie in ihrer Gesamtheit präsentieren.