Die Eugen Jochum Stiftung zeichnete Peter Dijkstra 2014 mit dem Eugen Jochum Preis aus. Mit dem Leben und Schaffen Eugen Jochums verbindet Dijkstra vor allem seine Tätigkeit als Künstlerischer Leiter des Chores des Bayerischen Rundfunks von 2005 bis 2016 sowie sein herausragendes Engagement für die Musik Johann Sebastian Bachs und die große Chorsinfonik. Unter Dijkstras Leitung bestätigte der Chor seine Position als eines der international führenden Vokalensembles. CD-Einspielungen unter seiner Leitung wurden vielfach ausgezeichnet. Für das Album »Strauss – Wagner – Mahler« erhielten Dijkstra und sein Chor einen Diapason d’or, die Aufnahmen von Gabriel Faurés Requiem (2012) sowie von Alfred Schnittkes Konzert für Chor (2014) wurden jeweils mit einem ECHO Klassik prämiert. Dabei arbeitete Dijkstra auch immer wieder eng mit dem Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks zusammen. Darüber hinaus legt er großen Wert auf die Kooperation mit Spezialensembles für Alte Musik, darunter etwa Concerto Köln und die Akademie für Alte Musik Berlin.
Neben Engagements als Dirigent bei Sinfonieorchestern wie der Amsterdam Sinfonietta, der Deutschen Kammerphilharmonie Bremen oder dem Münchner Kammerorchester arbeitet Peter Dijkstra regelmäßig mit dem RIAS Kammerchor, dem Collegium Vocale Gent, dem Rundfunkchor Berlin und den BBC Singers zusammen. Seit 2007 ist er Chefdirigent des Schwedischen Rundfunkchores, 2015 wurde er außerdem als Künstlerischer Leiter des Nederlands Kamerkoor berufen, dem er schon zuvor lange als erster Gastdirigent eng verbunden war. Peter Dijkstra ist Professor für Chorleitung an der Hochschule für Musik und Tanz Köln.